Tijekom turske okupacije, crkva je pretvorena u džamiju, što je ostala do oslobođenja 1686. godine, kad je počela obnova u baroknom stilu. Taj je pokušaj bio pomalo promašen i prava je rekonstrukcija počela tek krajem 19. stoljeća, kad je arhitekt Frigyes Schulek crkvi sv. Matijaša vratio sjaj iz doba prvobitne izgradnje - 13. stoljeća.