Prema istraživanjima, zaključeno je da je sveti Klement Ohridski ovu građevinu dao sagraditi u 9. stoljeću na temeljima stare, manje crkve. U novosagrađenoj crkvi napravio je i vlastitu grobnicu, koja je sačuvana do danas.
U ovoj je građevini Klement poučavao učenike ćirilici, a kroz tu školu prošlo je preko 3000 učenika i učitelja. Iz tog razloga se škola sv. Klementa katkad smatra prvim i najstarijim europskim sveučilištem, što je čak oko dva stoljeća prije 'službeno' najstarijeg sveučilišta, onog u Bologni. Ono što sprječava Ohridsko sveučilište sv. Klementa da postane prvo na popisu jest što se kao kriterij uzima neprekidno djelovanje od osnutka, što to učilište ipak ne zadovoljava.
Crkva sv. Klementa smatrala se svetim mjestom za Makedonce sve do 15. stoljeća, kada su je Turci pretvorili u džamiju. Kasnije su dozvolili obnovu crkava i manastira, pa je tako obnovljen i sv. Pantelejmon. Ipak, ubrzo je srušen, pa je sagrađena nova džamija. Kraj 20. stoljeća donio je i konačnu realizaciju ideje o obnovi ovog prvoklasnog spomenika, da bi 2002. Makedonci konačno vidjeli jedno od svojih najznačajnijih povijesnih objekata potpuno obnovljeno i u punome sjaju.
